علاوه بر موارد بالا و متاسفانه برخلاف اظهارات دکتر عراقچی، ساختار نظارت و دسترسی در پروتکل الحاقی به هیچ عنوان یک اقدام ساده و بی‌حاشیه نیست و نمی‌توان براحتی از آن تحت عنوان «می‌آیند و چشمشان را می‌بندیم و یک دستمالی می‌کشند و می‌روند» یاد کرد.
 
رژیم دسترسی به اماکن هسته‌ای و غیرهسته‌ای بر طبق پروتکل الحاقی به اندازه‌ای سنگین، دقیق و سخت است که همانطور که در بالا اشاره شد، بسیاری از کشورهای جهان حاضر به پذیرش آن نیستند و چارچوب خاصی برای برای اجرای آن در نظر می‌گیرند.
 
از میان بیش از ۱۰۰ کشور که در حال حاضر «پروتکل الحاقی» را اجرا کرده‌اند، چندین کشور از جمله ایالات متحده آمریکا مفادی را در نظر گرفته‌اند که انجام بازرسی‌های آژانس از تاسیساتی را که تهدید علیه امنیت ملی آن کشور‌ها تلقی می‌شوند، ممنوع می‌کنند. به عنوان مثال، در توافقنامه پادمانی آژانس با آمریکا برای اجرای پروتکل الحاقی، بازرسی از آن دسته از تاسیسات هسته‌ای که از لحاظ امنیت ملی برای آمریکا مهم تلقی می‌شوند، از انجام این بازرسی‌ها معاف شده‌اند.
 
در بند B۱ پروتکل الحاقی ایالات متحده آمده است: «آمریکا بایستی این پروتکل را اجرا کرده و به آژانس اجازه انجام این پروتکل را بدهد؛ مگر در مواردی که اجرای آن به دسترسی آژانس به فعالیت‌های متضمن امنیت ملی آمریکا و یا به مکان‌هایی مرتبط با این فعالیت‌ها منجر شود.»
 
وزارت دفاع آمریکا در اطلاعیه‌ای در سال ۲۰۰۸ در توضیح همین ماده که به «استثنائات امنیت ملی» موسوم است، می‌نویسد: «وزارت دفاع آمریکا بایستی با اجرای ماده استثنائات امنیت ملی مانع دسترسی آژانس به تمامی مکان‌ها، پایگاه‌ها و تاسیسات فعلی و سابق وزارت دفاع آمریکا و همچنین اطلاعات و فعالیت‌های مربوطه که از لحاظ امنیت ملی مهم هستند بشود.»
 
در ادامه توضیحات پنتاگون درباره مواردی که مشمول معافیت از بازرسی‌های آژانس می‌شوند آمده است: «این موارد تمامی اماکن، ساختمان‌ها، تاسیسات، سازه‌های نصب‌شده و زمین‌های تحت مالکیت یا اجاره وزارت دفاع آمریکا و همچنین تمامی برنامه‌ها، فعالیت‌ها یا اطلاعات مرتبط با دفاع، امنیت ملی یا دفاع از وطن را شامل می‌شوند. این اطلاعات علاوه بر موارد دیگر، عبارت‌اند از: عملیات‌ها و آموزش؛ تولید، نگهداری و تامین مواد؛ تحقیقات، توسعه، آزمون و ارزشیابی و زیرساخت‌ها و پرسنل.»مذاکردرسایه تهدید