از میان بیش از ۱۰۰ کشور که در حال حاضر «پروتکل الحاقی» را اجرا کرده‌اند، چندین کشور از جمله ایالات متحده آمریکا مفادی را در نظر گرفته‌اند که انجام بازرسی‌های آژانس از تاسیساتی را که تهدید علیه امنیت ملی آن کشور‌ها تلقی می‌شوند، ممنوع می‌کنند. به عنوان مثال، در توافقنامه پادمانی آژانس با آمریکا برای اجرای پروتکل الحاقی، بازرسی از آن دسته از تاسیسات هسته‌ای که از لحاظ امنیت ملی برای آمریکا مهم تلقی می‌شوند، از انجام این بازرسی‌ها معاف شده‌اند.
رجانیوز- مهدی خانعلی‌زاده*: سیدعباس عراقچی، معاون وزیر امور خارجه کشورمان چند شب پیش در بخشی از برنامه گفتگوی ویژه خبری، درباره نحوه نظارت آژانس بین‌المللی انرژی اتمی از تاسیسات هسته‌ای کشورمان گفت: «دستور داریم در چارچوب نظام و رژیم‌های متعارف کار کنیم و یکی از این رژیم‌های متعارف بین المللی پروتکل الحاقی است.»
 
با این حال، بررسی تاریخی روند اجرای پروتکل الحاقی در برخی از کشورهای دارای تاسیسات گسترده هسته‌ای نشان می‌دهد که برخلاف ادعای عضو ارشد تیم مذاکره کننده کشورمان، این رژیم بازرسی به هیچ عنوان یک ساختار عادی و پذیرفته شده در جهان نیست و اکثر کشورها نگرانی جدی درباره نحوه اجرای این پروتکل دارند؛ تا جایی که هر کشور دارای رژیم بازرسی خاص خود و با محدودیت‌های ملی است.مذاکردرسایه تهدید